光电光谱分析仪器的不足之处是它仍是一个相对的分析方法，试料组成、结构状态、激发条件等难于完全控制，一般需用一套相应的标准样品进行匹配，使光电光谱的应用受到一定的限制，另外光电光谱分析法也仅适用于金属元素及非金属元素的成分分析，对元素的价态的测量仍无能为力，有待于其他分析方法配合使用。

光电光谱分析在物理学、化学、生物学等基础学科以及冶金、地址、机械、化工、农业、环保、食品、医药等领域都有其广泛的用途。特别是在钢铁及有色金属的冶炼中控制冶炼工艺具有极其重要的地位，而在地质系统找矿、环保、农业、生物、样品中微量元素的检测，高纯金属及高纯试剂中痕量杂质的测定以及状态分析方面，光电光谱法都是具有相当有效的一种分析手段，是其他方法无法取代的。